Pelaksanaan penataan arsip Eks Kanwil Departemen Transmigrasi Jawa Timur dilakukan 2 (dua) tahap yaitu tahap pertama pada bulan Juli 2003 dengan hasil berupa Daftar Pertelaan Arsip. Arsip yang diserahkan ke Badan Arsip 23 Boks kemudian setelah dilakukan penataan dan pemilihan arsip menjadi 15 boks arsip. Pada tahap kedua dilakukan penyempurnaan dengan melakukan penyusunan Daftar Inventaris Arsip menjadi 11 Boks.