Bergulirnya reformasi membawa konsekuensi terhadap perubahan tata pemerintahan di Indonesia, dengan dikeluarkannya Undang-Undang Nomor 22 tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah yang menghapus lembaga pembantu dalam tata pemerintahan di Indonesia. Melalui Program Akuisisi Arsip Orde Baru pada tahun 2001, dilakukanlah pendataan ke seluruh Bakorwil di Jawa Timur untuk akuisisi arsip Kantor Pembantu Gubernur, termasuk di Bakorwil III Malang. Penarikan arsip dilakukan pada tahun 2001 oleh Bidang Pengelolaan Arsip Inaktif, Badan Arsip Provinsi 7 Jawa Timur. Arsip yang ditarik dalam kondisi belum tertata. Selanjutnya penataan dilakukan pada tahun 2003 sampai dengan 2006. Arsip disimpan di Depo Pandaan.

Pada tahun 2013 Bidang Pengelolaan Arsip Inaktif melakukan penyusutan arsip inaktif. Ada 10 (sepuluh) perangkat daerah yang arsip inaktifnya disusutkan termasuk arsip Kantor Pembantu Gubernur Wilayah II Bojonegoro. Hasil penyusutan terdapat arsip yang dinilai permanen, dan arsip ini diserahkan ke Bidang Penyelamatan Arsip Statis pada tahun 2014.
Arsip Kantor Pembantu Gubernur Wilayah III Malang yang kemudian lebih dikenal dengan Badan Koordinasi Wilayah (Bakorwil) III Malang diakuisisi oleh Bidang Pengelolaan Arsip Inaktif pada tahun 2009. Sayangnya pada saat pengakuisisian tidak ditemukan daftar Arsip dan Berita Acara Pengakuisisian ataupun penyerahannya, sehingga tidak diketahui berapa banyak arsip yang berhasil diakuisisi. Dalam perjalanannya, arsip tersebut kemudian diolah oleh Bidang Pengelolaan Arsip Inaktif dan kemudian dilakukan penilaian oleh tim internal Badan Perpustakaan dan Kearsipan Provinsi Jawa Timur. Hasilnya adalah sejumlah 346 berkas (27 boks), dalam proses penilaian direkomendasikan untuk disimpan secara permanen sebagai arsip statis.

Daftar Arsip Badan Pemberdayaan Masyarakat Desa Propinsi Jawa Timur berisikan rekaman informasi dalam bentuk tekstual, berisikan program-program pemerintah dalam pembangunan masyarakat pedesaan seperti Program Kesewadayaan Masyarakat seperti Fasilitasi Gender, Pengembangan Masyarakat dan Pemberdayaan Masyarakat, Program Pengembangan Perekonomian Masyarakat seperti urusan pengentasan kemiskinan, jumlah penduduk dan data rumah tangga miskin, taskin dan gerdu taskin, Program Pemberdayaan Perempuan dan Ketahanan Pangan.

Inventaris Arsip Departement van Binnenlandsch Bestuur (Departemen
Dalam Negeri) ini merupakan arsip peninggalan Pemerintah Provinsi Jawa
Timur masa Hindia Belanda. Isi Arsip berisikan laporan pemerintahan
mengenai keadaan ekonomi, pekerjaan umum, pengawasan tenaga kerja,
desentralisasi, kependudukan, penjara, buletin kolonial, dan sebagainya.

Arsip Tekstual, Arsip Non Tekstual, Dokumentasi

1. Arsip-arsip Tata Usaha yang meliputi :
   Arsip-arsip tentang program kerja Ditsospol, kunjungan dan kerjasama dengan luar negeri, inventaris negara dan kepegawaian.
2. Arsip dari Pembinaan Umum dan Pembinaan Masyarakat
   Arsip-arsip tentang hubungan antara aparatur pemerintah dengan DPRD, tentang kegiatan pemilu seperti kampanye, pendaftaran pemilih, situasi Pemilu, hasil pemungutan suara
3. Arsip dari Pembinaan masyarakat
   Arsip-arsip tentang kondisi keamanan dan ketertiban yang terjadi di daerah-daerah yang menonjol dan memerlukan penanganan segera.
4. Arsip dari Pembinaan Kesatuan Bangsa
   Arsip-arsip tentang pembangunan kesatuan bangsa, pendidikan ideologi Paneasila dan Pelaksanaan P4 .
5. Arsip tentang masalah Ketertiban Umum
   Arsip-arsip perijinan penggunaan bangunan, tempat ibadah, senjata api dan penertiban masalah sosial yang terjadi di masyarakat seperti : bencana alam, unjuk rasa, sengketa tanah.
6. Arsip Pengamanan
   Arsip-arsip masalah pengamanan politik dan ekonomi yang terjadi di Jawa Timur.