Bergulirnya reformasi membawa konsekuensi terhadap perubahan tata pemerintahan di Indonesia, dengan dikeluarkannya Undang-Undang Nomor 22 tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah yang menghapus lembaga pembantu dalam tata pemerintahan di Indonesia. Melalui Program Akuisisi Arsip Orde Baru pada tahun 2001, dilakukanlah pendataan ke seluruh Bakorwil di Jawa Timur untuk akuisisi arsip Kantor Pembantu Gubernur, termasuk di Bakorwil III Malang. Penarikan arsip dilakukan pada tahun 2001 oleh Bidang Pengelolaan Arsip Inaktif, Badan Arsip Provinsi 7 Jawa Timur. Arsip yang ditarik dalam kondisi belum tertata. Selanjutnya penataan dilakukan pada tahun 2003 sampai dengan 2006. Arsip disimpan di Depo Pandaan.

Pada tahun 2013 Bidang Pengelolaan Arsip Inaktif melakukan penyusutan arsip inaktif. Ada 10 (sepuluh) perangkat daerah yang arsip inaktifnya disusutkan termasuk arsip Kantor Pembantu Gubernur Wilayah II Bojonegoro. Hasil penyusutan terdapat arsip yang dinilai permanen, dan arsip ini diserahkan ke Bidang Penyelamatan Arsip Statis pada tahun 2014.
Arsip Kantor Pembantu Gubernur Wilayah III Malang yang kemudian lebih dikenal dengan Badan Koordinasi Wilayah (Bakorwil) III Malang diakuisisi oleh Bidang Pengelolaan Arsip Inaktif pada tahun 2009. Sayangnya pada saat pengakuisisian tidak ditemukan daftar Arsip dan Berita Acara Pengakuisisian ataupun penyerahannya, sehingga tidak diketahui berapa banyak arsip yang berhasil diakuisisi. Dalam perjalanannya, arsip tersebut kemudian diolah oleh Bidang Pengelolaan Arsip Inaktif dan kemudian dilakukan penilaian oleh tim internal Badan Perpustakaan dan Kearsipan Provinsi Jawa Timur. Hasilnya adalah sejumlah 346 berkas (27 boks), dalam proses penilaian direkomendasikan untuk disimpan secara permanen sebagai arsip statis.

Arsip Dinas Lalu Lintas dan Angkutan Jalan Raya ini pada umumnya informasi sekitar administrasi..informasi sekitar Perumusan perencanaan dan pelaksanaan kebijakan teknis bidang manajemen dan rekayasa lalu lintas dan angkutan jalan, pemberian bimbingan dan perijinan sesuai dengan keputusan oleh Gubernur.

• Pemerintahan
• Perjalanan/Kunjungan Dalam Negeri
• Perjalanan/Kunjungan Luar Negeri
• Kedutaan
• Misi
• Peristiwa Penting

Arsip statis yang berasal dari Kantor Wilayah Departemen Pekerjaan Umum ini pada umumnya informasinya sekitar administrasi penataan ruang kawasan perkotaan/pedesaan, perencanaan bangunan gedung, jasa konstruksi, pengeloaan gedung, pembinaan teknis bangunan, perencaan perumahan perkotaan/desa dan perencanaan air bersih penyehatan lingkungan pemukiman perkotaan maupun perdesaaan di wilayah Provinsi Jawa Timur. Tahapan pengolahannya meliputi penilaian arsip, pendiskripsian arsip, membuat manuver fisis, manuver fisik, penomoran definitif, pemasukan kedalam boks, penempatan, dan penataan boks arsip di depo, entri data dan penyusunan inventaris.

Arsip statis Kantor Wilayah Departemen Pekerjaan Umum ini informasinya seperti: administrasi penataan ruang kawasan perkotaan/pedesaan, perencanaan bangunan gedung, jasa konstruksi, pengeloaan gedung, pembinaan teknis bangunan, perencaan perumahan perkotaan/desa dan perencanaan air bersi, penyehatan lingkungan pemukiman perkotaan maupun perdesaaan di wilayah Provinsi Jawa Timur.