Bergulirnya reformasi membawa konsekuensi terhadap perubahan tata pemerintahan di Indonesia, dengan dikeluarkannya Undang-Undang Nomor 22 tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah yang menghapus lembaga pembantu dalam tata pemerintahan di Indonesia. Melalui Program Akuisisi Arsip Orde Baru pada tahun 2001, dilakukanlah pendataan ke seluruh Bakorwil di Jawa Timur untuk akuisisi arsip Kantor Pembantu Gubernur, termasuk di Bakorwil III Malang. Penarikan arsip dilakukan pada tahun 2001 oleh Bidang Pengelolaan Arsip Inaktif, Badan Arsip Provinsi 7 Jawa Timur. Arsip yang ditarik dalam kondisi belum tertata. Selanjutnya penataan dilakukan pada tahun 2003 sampai dengan 2006. Arsip disimpan di Depo Pandaan.

Pada tahun 2013 Bidang Pengelolaan Arsip Inaktif melakukan penyusutan arsip inaktif. Ada 10 (sepuluh) perangkat daerah yang arsip inaktifnya disusutkan termasuk arsip Kantor Pembantu Gubernur Wilayah II Bojonegoro. Hasil penyusutan terdapat arsip yang dinilai permanen, dan arsip ini diserahkan ke Bidang Penyelamatan Arsip Statis pada tahun 2014.
Arsip Kantor Pembantu Gubernur Wilayah III Malang yang kemudian lebih dikenal dengan Badan Koordinasi Wilayah (Bakorwil) III Malang diakuisisi oleh Bidang Pengelolaan Arsip Inaktif pada tahun 2009. Sayangnya pada saat pengakuisisian tidak ditemukan daftar Arsip dan Berita Acara Pengakuisisian ataupun penyerahannya, sehingga tidak diketahui berapa banyak arsip yang berhasil diakuisisi. Dalam perjalanannya, arsip tersebut kemudian diolah oleh Bidang Pengelolaan Arsip Inaktif dan kemudian dilakukan penilaian oleh tim internal Badan Perpustakaan dan Kearsipan Provinsi Jawa Timur. Hasilnya adalah sejumlah 346 berkas (27 boks), dalam proses penilaian direkomendasikan untuk disimpan secara permanen sebagai arsip statis.